Muzeum gromadzi przedmioty związane z kulturą żydowską. Siedzibą placówki jest zabytkowy zespół zabudowań synagogalnych. Zespół ów tworzą: Wielka Synagoga, Mała Synagoga i Dom Pokahalny. Zbiory to zabytki pochodzące z zakupów bądź wypożyczeń - związane są z różnymi dziedzinami życia Żydów. Składają się na nie m. in. obrazy o tematyce żydowskiej albo autorstwa artystów wywodzących się z kręgu judaizmu lub są to w większości obiekty związane z kultem religijnym sprawowanym zarówno w świątyni jak i w ognisku domowym. Wiele z nich prezentowanych jest na stałej wystawie judaików eksponowanej w sali męskiej wielkiej synagogi. Dział historyczny zajmuje się gromadzeniem eksponatów i materiałów archiwalnych dotyczących Włodawy i regionu. Ukazują one złożoną historię tych terenów, którą współtworzyli Polacy, Żydzi i ludność ruska. Szczególne miejsce w zbiorach zajmują judaica, które prezentowane są na stałej ekspozycji w sali męskiej Wielkiej Synagogi.
Wielka Synagoga (hebr. Bet ha-kneset) wzniesiona została w latach 1764-1774, w miejscu pierwotnie drewnianej, ze środków finansowych gminy oraz częściowo z funduszy rodziny Czartoryskich, ówczesnych właścicieli Włodawy. Wymurowana w stylu późnego baroku, pierwotnie jednokondygnacyjna na rzucie prostokąta, w części środkowej podpiwniczona.
