Muzeum mieści się w Ratuszu Staromiejskim, najbardziej znanej, zabytkowej budowli w mieście. Muzeum gromadzi zbiory archeologiczne, sztukę (malarstwo i rzeźba), rzemiosło artystyczne, numizmatykę, grafikę oraz etnograficzne. Aktualnie w Ratuszu Staromiejskim prezentowane są wystawy stałe: "Galeria sztuki gotyckiej", "Sala Sądowa", "Dawny Toruń. Historia i rzemiosło artystyczne 1233-1793". "Mennice i monety toruńskie 1233/1238 – 1765”, "Sala Mieszczańska z galerią portretu mieszczańskiego XVI - XVIII w.", "Sala Królewska. Poczet Królów Polskich", "Galeria malarstwa polskiego od połowy XVIII w. do pocz. XX w.", "Sztuka sakralna nowożytnego Torunia", "Skarb ze Skrwilna. Skarb z Nieszawy. Złotnictwo świeckie polskie i obce". Wystawę Skarbów pokazano w centralnej części wieży Ratusza, zaś w pomieszczeniu przyległym - polskie i w obcych warsztatach wykonane srebra o charakterze świeckim. Do niedawna sale te nie były udostępniane zwiedzającym. W początkach niemieckiej okupacji, która w Toruniu trwała od 4 IX 1939r. do 31 I 1945r. zlikwidowane zostały polskie ekspozycje, a w końcu działań wojennych część najcenniejszych zbiorów wywieziono. Niektóre muzealia udało się odzyskać po zakończeniu wojny i Muzeum wznowiło swoją działalność w Ratuszu.
Ekspozycja Dawny Toruń ukazuje dzieje Torunia od lokacji Starego (1233 r.) i Nowego Miasta (1264 r.) począwszy, po ostatnie lata samodzielności w XVIII w., ze szczególnym uwzględnieniem działalności toruńskich rzemieślników, kształtujących pomyślność miasta w ciągu wieków. Różnorodności prezentowanych zagadnień odpowiada bogactwo materiału zabytkowego: od wyrobów rzemieślniczych z okresu średniowiecza i czasów nowożytnych, poprzez liczne pamiątki cechowe, fragmenty i detale architektoniczne.
