Muzeum proponuje zwiedzającym stałe ekspozycje obejmujące swym zakresem szeroko rozumianą Ziemię Mogileńską. Ekspozycja "Pradzieje Ziemi Mogileńskiej" przedstawia w małym fragmencie dorobek materialny społeczeństw i kultur zamieszkujących tereny Ziemi Mogileńskiej. Zobaczyć można narzędzia, przedmioty codziennego użytku oraz te używane podczas obrzędów religijnych przez ludzi od czasów młodszej epoki kamienia (Neolit), poprzez epokę brązu i żelaza, aż po czasy średniowiecza i nowożytność. Prezentowane na wystawie zabytki pochodzą z szeroko pojętej Ziemi Mogileńskiej i częściowo z obszaru Wielkopolski. Wystawa "Dzieje Ziemi Mogileńskiej" przedstawia w sposób możliwie wszechstronny i wielowątkowy zapis historii Ziemi Mogileńskiej. Ziemia Mogileńska to region ciekawy ze względu na zróżnicowanie etnograficzne, gdyż w jej granicach znajdują się Kujawy, Pałuki i Wielkopolska.
Z chwilą powstania muzeum podjęło zadanie gromadzenia materiałów dotyczących życia i działalności Józefa Glempa Prymasa Polski. Ta wybitna postać jest Honorowym Obywatelem Miasta Mogilna. Stąd też pierwsza wystawa nosząca tytuł "Życie i Praca Dla Kościoła i Społeczeństwa Józefa Kardynała Glempa Prymasa Polski".
