Muzeum gromadzi zbiory poświęcone historii Warszawy: malarstwo, grafikę, rzeźbę, obiekty archeologiczne, rzemiosło artystyczne, medale i numizmaty, plany i rysunki architektoniczne, fotografie, negatywy, pocztówki, archiwalia, księgozbiór, druki zwarte i czasopisma. Zbiory liczą ponad 230 tysięcy obiektów - są stale uzupełniane dzięki zakupom, darom i wymianom z muzeami w kraju i zagranicą. Dzisiaj Muzeum Historyczne m. st. Warszawy, oprócz siedziby w staromiejskich kamieniczkach, posiada także swoje oddziały: Muzeum Drukarstwa Warszawskiego, Muzeum Farmacji, Muzeum Woli, Muzeum Walki i Męczeństwa w Palmirach, Ośrodek Dokumentacji i Badań Korczakienum. Muzeum prowadzi rozbudowaną działalność naukowo-wydawniczą i wystawienniczą, dysponuje własnymi pracowniami konserwatorskimi, proponuje szeroką ofertę edukacyjną oraz popularyzatorską. W muzeum działa kino, organizujące seanse filmów o Warszawie, a także biblioteka, specjalizująca się w varsavianach.
Ekspozycja stała "Siedem wieków Warszawy" zajmuje parter i 3 poziomy 8 kamieniczek usytuowanych przy Rynku Starego Miasta 28-42. Ekspozycja przedstawia historię Warszawy od założenia miasta ok. 1300 r. do zaprzysiężenia Lecha Wałęsy na prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej 22 XII 1990 r. Wejście dla zwiedzających w kamienicy nr 42.
