Muzeum mieści się w budynku klasztornym, w którym salezjanie mają swój nowicjat. Twórcą Muzeum Misyjnego jest ks. Zbigniew Malinowski. Powstało w 1976 roku z nagromadzonych pamiątek misyjnych przywożonych przez misjonarzy salezjańskich. Część eksponatów należących do Muzeum Parafialnego prezentowanych jest także w samym kościele, stanowiąc tzw. lapidarium. W kościele godne obejrzenia są również bardzo cenne malowidła ścienne romańskie, gotyckie, renesansowe i XVII-wieczne oraz rzeźbiony romański portal. W klasztorze można też zwiedzić kaplicę nowicjacką, (dawny refektarz) z gotyckim sklepieniem polichromowanym. We wnętrzu zachowały się fragmenty malowideł romańskich (największe w Polsce!) oraz cenne freski gotyckie. W ołtarzu głównym, wykonanym w Krakowie ok. 1630 r., znajduje się słynący cudami wizerunek Matki Boskiej Czerwińskiej. Kopię rzymskiego obrazu z bazyliki Santa Maria Maggiore namalował w 1612 r. Łukasz z Łowicza.
Klasztor powstał w połowie XII wieku dla kanoników regularnych sprowadzonych z Francji, z fundacji biskupa płockiego Aleksandra z Malonne (1129-1156), przybyłego z Belgii. Budynek klasztorny odbudowany i remontowany pzrez salezjanów po I-ej i po II-giej wojnie światowej, zasadniczo pochodzi z okresu gotyku (XV w.). Zachowały się też ślady budowy z XIII wieku. Później był przebudowany w wieku XVI i XVII. Zabudowania klasztorne, przylegające do świątyni od południa, pochodzą z XV-XVI w., przebudowane zostały w XVII w. Z XV w. pochodzą plebania i dzwonnica (tzw. Brama Opata Kuli).
