Muzeum zostało otwarte w 1993 roku staraniem środowisk związanych z Rodzinami Katyńskimi oraz dzięki inicjatywie Muzeum Wojska Polskiego. Muzeum Katyńskie jest Oddziałem Muzeum WP, mieści się w kazamatach XIX - wiecznego rosyjskiego Fortu IX im. J. H. Dąbrowskiego na czerniakowskiej Sadybie. Muzeum upowszechnia wiedzę o wielkiej zbrodni dokonanej przez radzieckie służby bezpieczeństwa (NKWD) na polskich jeńcach wojennych. Można w nim zobaczyć przedmioty wydobyte podczas prac ekshumacyjnych w Katyniu, Charkowie i Miednoje, a także ponad 5 tys. fotografii, przekazanych do muzeum przez rodziny ofiar. Zgromadzono tu liczne dokumenty i ponad 15 tysięcy fotografii dotyczących zbrodni i jej ofiar. Muzeum dysponuje kartoteką zamordowanych osób, posiada obszerny księgozbiór i filmotekę. W sierpniu 2015 na rogu ulic Krajewskiego i Wisłostrady na specjalnej konstrukcji zamontowano półtoratonowy Dzwon Katyński. Dzwon ma otwór po przestrzeleniu, a projekt jego wyeksponowania zakłada oświetlenie go snopem światła z symbolicznego dołu śmierci u podnóża konstrukcji. We wrześniu 2015 muzeum zostało ponownie otwarte w jego nowej siedzibie w kaponierze Cytadeli.
Cytadela Warszawska zbudowana została na rozkaz cara Mikołaja I w Warszawie, po upadku powstania listopadowego, z zamysłem kontroli nad miastem, będącym ośrodkiem polskiego ruchu niepodległościowego. W czasie zaboru rosyjskiego twierdza nosiła nazwę Cytadeli Aleksandrowskiej. Przy pracach zatrudniono siłę roboczą sprowadzaną z Rosji, zarówno żołnierzy, jak i chłopów. Na budowie pracowało do 2 tys. robotników dziennie. Na potrzeby fortyfikacji wyburzono 76 domów, zajęto ponad 64 tys. posesji oraz wysiedlono do 15 tys. okolicznych mieszkańców. W 1837 wyposażona była w 217 dział, w 1843 miała ich już 247, a w 1863 aż 555. W ich zasięgu (1500 m) znajdowały się całe Stare i Nowe Miasto. Wokół cytadeli wybudowano 104 kazamaty więzienne mogące pomieścić do 2940 ludzi.
