Muzeum mieści się w gmachu Ministerstwa Edukacji Narodowej przy al. Szucha 25, w którym w latach okupacji mieściła się siedziba Policji Bezpieczeństwa i Służby Bezpieczeństwa. Budynek, w którym Niemcy urządzili areszt śledczy, wzniesiono w latach 1925-1930 według projektu profesora architektury Zdzisława Mączeńskiego. Otwarcie Mauzoleum Walki i Męczeństwa nastąpiło 18 kwietnia 1952 r. Najcenniejszą częścią ekspozycji są pomieszczenia znajdującego się tutaj w okresie II wojny światowej aresztu gestapo, zachowane w prawie nienaruszonym stanie korytarze, cele zbiorowe, izolatki i pokój dyżurnego gestapowca, w którym odbywały się przesłuchania. Zwiedzającym towarzyszy 5 etiud filmowych podkreślających grozę tego miejsca, obejrzeć też można multimedialny przekaz, składający się z 4 stanowisk prezentacji historycznej.
Tuż po zakończeniu II wojny światowej mieszkańcy Warszawy, byli więźniowie i ich rodziny traktowali to miejsce jak cmentarz. Palono znicze i składano kwiaty czcząc pamięć pomordowanych. To z ich inicjatywy podjęto ideę utworzenia w podziemiach gmachu mauzoleum - miejsca pamięci narodowej.
