Muzeum Uniwersyteckie zainaugurowało działalność 19 stycznia 2005 r, mieści się w gmachu, któremu nadano nazwę Collegium Maximum (Kolegium Największe) – tak z racji wielkości, jak reprezentacyjności. Zbiory muzeum uniwersyteckiego można podzielić na cztery działy: sztuka europejska i światowa oraz przedmioty kultury materialnej (kolekcja prof. Wiesława Litewskiego, kolekcja Aleksandra Wernera); sztuka polska w Wilnie i Toruniu (kolekcja prof. Konrada Górskiego); sztuka polska na świecie (depozyt Liny i Bolesława Nawrockich – prace Meli Muter, Bolesława Nawrockiego i Ecole de Paris, dar Maryli Żuławskiej – prace Marka Żuławskiego, Halimy Nałęcz, Haliny Korn-Żuławskiej oraz innych artystów plastyków polskich z Wielkiej Brytanii, dar Haliny Oberlander – prace Marka Oberlandera oraz dary osób prywatnych i instytucji); świadectwa i pamiątki historii nauki w Wilnie i Toruniu (togi, instygnia i portrety rektorów UMK, pamiątki po profesorach absolwentach UMK i USB.)
Na parterze powstała reprezentacyjna Sala Rektorów UMK. Wysoko na ścianach zawieszono portrety rektorów Uniwersytetu – od prof. Ludwika Kolankowskiego po prof. prof. Jana Kopcewicza i Andrzeja Jamiołkowskiego. Poniżej portretów, w pionowych gablotach, umieszczono zabytkowe togi rektorskie Ludwika Kolankowskiego i Władysława Dziewulskiego oraz insygnia rektorskie: łańcuch, berło i pierścień. Pierwsze piętro zajmują sale muzealne.
