Początki muzeum sięgają roku 1954, kiedy to ówczesny opat dr Stanisław Kiełtyka chcąc ocalić zbiory sztuki sakralnej, założył klasztorne muzeum. W roku 1966 dokonano uporządkowania zbiorów i podzielenia ich na 2 działy: militaria i sztuka sakralna. W 1978 cystersi odzyskali XVII wieczny spichlerz, który stał się siedzibą Muzeum. W górnej sali, tzw. zbrojowni znajduje się XIX wieczna kopia mapy świata z XIII wieku Konrada Milera z Hanoweru. Ukazuje ona świat jako okrągłą płaszczyznę z centrum w Jerozolimie. Pokazuje, że świat jest pod opieką Chrystusa Ukrzyżowanego. Na niej zaznaczona jest także Polska. Dalej znajduje się kolekcja monet (zbiory numizmatyczne ) oraz broni. W środku sali można zobaczyć wazy japońskie znajdujące się pomiędzy kolczugami z XVI wieku, bogaty zbiór minerałów, rud metali i skał, a nawet ząb mamuta.
Na samym dole znajduje się sala ludowa, a w niej kącik poświęcony historii browarnictwa klasztornego w Szczyrzycu z etykietami z piwa szczyrzyckiego. Po przeciwnej stronie na ścianie znajduje się legenda o diablim kamieniu przedstawiona w obrazkach na szkle malowanych. Jest też specjalnie wyeksponowana gablota za szkłem ze strojami szczyrzyckimi.
