Majątek Waplewo Wielkie stanowiący pierwotnie dobra rycerskie, od początku XVII w. pozostawał we władaniu polskich rodów szlacheckich, bardzo silnie związanych z Pomorzem Nadwiślańskim: Niemojewskich, Zawadzkich, Chełstowskich, Bagniewskich i Sierakowskich. Dwór Waplewski, tak pod względem formy architektonicznej jak i panującego w nim klimatu umysłowego stanowił niejako archetyp „dworu polskiego” – co niejednokrotnie podkreślała prasa krajowa oraz bawiący tu goście, wśród których znajdowało się wielu wybitnych przedstawicieli kultury polskiej. Jednocześnie właściciele Waplewa pozostawali w ścisłym związku z Gdańskiem – ośrodkiem kultury i nauki, miastem mającym niemały wpływ na charakter wielu siedzib szlacheckich, nie tylko w Prusach Królewskich, ale także na obszarze całej Rzeczpospolitej. W Muzeum organizowane są sesje naukowe, koncerty, warsztaty, plenery artystyczne.
W latach trzydziestych dobra dworu zostały rozparcelowane przez władze nazistowskie. Po wojnie przeszedł on w ręce Państwowego Ośrodka Hodowli Zarodowej. Od listopada 2006 roku obiekt jest w posiadaniu Muzeum Narodowego w Gdańsku, które stworzyło tam oprócz Muzeum Tradycji Szlacheckiej, Pomorski Ośrodek Kontaktów z Polonią. W 2011 Izabella Sierakowska-Tomaszewska podarowała muzeum 21 obrazów wchodzących dawniej w skład pałacowej kolekcji, 6 grafik, lustro w złoconej ramie oraz sekretarz podróżny w formie okutej skrzyni, a 2009 ponad 200 fotografii założenia pałacowo-parkowego oraz jego mieszkańców. Ponadto w zbiorach muzeum znajdują się dokumenty rodziny Sierakowskich, w tym zaproszenie na koronację cara Mikołaja I w 1829.
