Zbiory muzeum pochodzą z kościołów dawnej Diecezji Chełmińskiej. Prezentują średniowieczną i nowożytną sztukę sakralną: malarstwo, w tym m.in. Poliptyk toruński, obrazy pasyjne z kościoła św. Jana w Toruniu, malarstwo mistrzów pomorskich - Hermana Hana (ok. 1574-ok. 1628) i Andrzeja Stecha (1635-1697); rzeźba: z okresu Madonn na Lwach, stylu międzynarodowego, stylu Pięknych Madonn, oraz końca gotyku z ok. 1500, resztki ołtarzy szafiastych oraz pozostałości wyposażenia wnętrz kościelnych; rzemiosło artystyczne - złotnictwo warsztatów gdańskich, toruńskich i norymberskich: naczynia liturgiczne, monstrancje i relikwiarze, tkaniny od ok. 1560 do 1800, a także rękopisy i starodruki, m.in. Biblia Gutenberga z klasztoru Franciszkanów w Lubawie. Na pierwszym piętrze znajduje się również jedna z dwóch sal przeznaczonych na wystawy czasowe. W skarbcu prezentowane są wyroby złotnicze (głównie paramenty mszalne - kielichy, monstrancje itp.) z wszystkich epok.
Muzeum pelplińskie posiada dwutomową Biblię Gutenberga - jedyną w Polsce - wersję na papierze, mającą oryginalną XV-wieczną oprawę, wykonaną przez mistrza Henryka Costera z Lubeki. Biblia wydrukowana została prawdopodobnie w ok. 200 egzemplarzach – 165 na papierze i 35 na pergaminie. Do naszych czasów przetrwało 48 egzemplarzy tej najcenniejszej książki świata, z czego tylko 20 kompletnych. Najwięcej w USA – 14.
