W jedynym w Polsce Muzeum Witrażu, poza obiektami stałej ekspozycji, można obserwować niezmienny od setek lat proces powstawania witraży. Struktura kamienicy, w której znajduje się teraz Muzeum, a która wybudowana została specjalnie dla potrzeb Krakowskiego Zakładu Witrażów S.G. Żeleński, również pozostała niezmieniona. Zakład został założony w roku 1902 przez Stanisława Gabryela Żeleńskiego, syna wybitnego kompozytora i brata znanego pisarza, Tadeusza Boy’a Żeleńskiego. Wnętrza kamienicy oraz wyposażenie pracowni, przez którą wiedzie szlak “żywego Muzeum” zachowały swój oryginalny charakter. Przestrzeń Muzeum została podzielona na dwie części: "Żywe Muzeum" - znajduje się tu pracownia i stała ekspozycja z historyczną kolekcją - do tej części Muzeum można wejść wyłącznie po dokonaniu wcześniejszej rezerwacji oraz "Galeria Szkła Współczesnego" - tu odbywają się wystawy czasowe, Galeria jest otwarta dla wszystkich zwiedzających w wybrane dni tygodnia.
Od 1902 roku w Krakowskim Zakładzie Witrażów S.G. Żeleński powstały witraże dla ponad tysiąca obiektów niemal na całym świecie. Były to tak pojedyncze dzieła, jak i olbrzymie zespoły witraży. Z większości tych realizacji pozostały szkice, projekty oraz kartony wykonawcze. Wszystkie one, jak i pojedyncze dzieła witrażowe wchodzą w skład kolekcji i archiwum Muzeum Witrażu, które fragmentami są prezentowane na stałej ekspozycji.
