Muzeum gromadzi obiekty dotyczące kultury materialnej, dziejów politycznych i gospodarczych, sztuki oraz tradycji i zwyczajów mieszkańców Krakowa od czasów najdawniejszych aż po dzień dzisiejszy. Wśród kolekcji muzealnych, na pierwszym miejscu należy wymienić zbiory ikonograficzne - widoki dawnego Krakowa, obrazy pędzla Jacka Malczewskiego, Stanisława Tondosa, Erazma Fabijańskiego, Michała Stachowicza, Juliusza i Wojciecha Kossaków, pokazujące miasto i jego zabytki bądź wydarzenia, które się w nim rozegrały, portrety wybitnych jego mieszkańców oraz fotograficzne (wśród nich unikatowa kolekcja szklanych klisz Ignacego Kriegera). Zbiory pamiątek historycznych związane z dziejami cechów krakowskich, oraz Krakowskim Bractwem Kurkowym - kolekcja o europejskiej randze. Cenne pamiątki z powstań narodowych, kolekcja tarcz legionowych, militariów, zegarów, teatraliów, judaików, rzemiosła artystycznego i szopek krakowskich.
Siedziba główna Muzeum mieści w Pałacu Krzysztofory, który należy do najpiękniejszych i najokazalszych pałaców miejskich w Krakowie. Nazwa budynku pochodzi od imienia św. Krzysztofa, patrona średniowiecznej kamienicy, która niegdyś w tym miejscu się znajdowała. Na przestrzeni wieków w pałacu gościło wiele znakomitych osobistości, w tym władcy polscy: królowie Jan Kazimierz Waza, Michał Korybut Wiśniowiecki oraz Stanisław August Poniatowski. Tutaj w 1809 r. przebywał książę Józef Poniatowski.
