Muzeum mieści się w Domu Katedralnym, na wzgórzu Wawelskim, obok Katedry Wawelskiej. Zostało otwarte 28 września 1978 roku przez kardynała Karola Wojtyłę. Zbiory Muzeum mieszczą się na dwóch kondygnacjach Domu Katedralnego. Ekspozycja obejmuje najstarsze i najważniejsze regalia polskie oraz przedmioty związane z kultem religijnym: wyroby rzemiosła artystycznego, tkaniny, obrazy i rzeźby pochodzące z fundacji królewskich, biskupich i szlacheckich, należące do najcenniejszych pamiątek Narodu Polskiego. Większość z nich była przechowywana dotychczas w Skarbcu Katedralnym, który należy do jednego z najbogatszych w Polsce. Do największych skarbów muzeum należą włócznia św. Maurycego (dar cesarza Ottona III dla Bolesława Chrobrego), romański kielich pochodzący z grobu biskupa Maura, insygnia królewskie, relikwiarz na czaszkę św. Stanisława, tzw. złota róża (dar papieża Klemensa XII dla żony Augusta III), ornat z przedstawieniem męczeństwa św. Stanisława, ufundowany przez Piotra Kmitę.
Ciekawą pamiątką związaną z Ojcem Świętym jest krzyżyk Edwina Aldrina - pierwszego człowieka, który stanął na Księżycu. Zanim krzyżyk trafił na Wawel przebył ciekawą drogę. Misjonarz pracujący w Stanach Zjednoczonych, ksiądz John Garbolino, przed słynną wyprawą na Księżyc w 1969 r. poprosił amerykańskiego astronautę o zabranie w kosmiczną podróż krzyża przywiezionego z Moskwy. Po zakończeniu misji okazało się, że Aldrin miał ze sobą jeszcze jeden krzyżyk. Astronauta podarował go księdzu Garbolino, który w 1974 r. oddał pamiątkę pewnemu biskupowi z Krakowa.
