Muzeum powstało w drugiej połowie XIX wieku. Działalność muzeum opiera się głównie na gromadzeniu kostnego materiału ludzkiego pochodzącego z różnych rejonów świata (Afryka, Azja, Europa, Ameryka Południowa) oraz zwierzęcego (małpy) – z okazów padłych w ogrodach zoologicznych. W zbiorach muzeum znajdują się szkielety różnych przedstawicieli Naczelnych: Pongo pygmaeus, Pan troglodytes, Gorilla gorilla, Mandrillus sphinx, Cercopithecinae. Muzeum dysponuje ponadto czaszkami małp Maccaca mulatta, Cercopithecus sp. i Papio sp. Eksponowane są również wypchane okazy małp. Na uwagę zasługuje duży zestaw materiału kraniologicznego i postkranialnego, od neolitu począwszy, a na XVIII wieku skończywszy, pochodzący głównie z terenów Europy. Z obszaru Azji w Muzeum znajdują się najliczniejsze w Polsce serie czaszek Ainów i Mongołów.
Do najciekawszych eksponatów muzealnych można z pewnością zaliczyć naturalnie zmumifikowaną czaszkę siostry zakonnej ze zboru ewangelickiego na Litwie. Z pewnością atrakcją Muzeum jest również średniowieczna czaszka z gwoździem egzekucyjnym wydobyta w piaskarni w okolicach Piotrkowa Trybunalskiego. Z ciekawszych eksponatów należy też wymienić mumifikacje celowe dwóch głów ludzkich (Egipt), czaszki deformowane z Peru i Boliwii oraz szczątki kostne ze zmianami patologicznymi (kiła, trąd, okaleczenia mechaniczne), jak również czaszkę siostry klaryski (XIII wiek) ze śladem po przebytej w czasie życia trepanacji.
