Muzeum mieści się w budynku administracyjnym dawnej Fabryki Naczyń Emaliowanych Oskara Schindlera. Wojenna historia fabryki i jej właściciela Oskara Schindlera oraz losy uratowanych przez niego żydowskich więźniów obozu Płaszów są znane, przede wszystkim za sprawą filmu Stevena Spielberga Lista Schindlera. Ekspozycja została podzielona na kilkanaście segmentów poświęconych poszczególnym zagadnieniom tematycznym: wojna 1939 r., rola Krakowa jako ośrodka władzy Generalnego Gubernatorstwa, życie codzienne i rodzinne, los Żydów krakowskich, opór i tajne państwo czy wreszcie dzieje fabryki, ludzi w niej pracujących i jej właściciela Oskara Schindlera. Interesujące eksponaty muzealne zostały uzupełnione bogatą dokumentacją fotograficzną i archiwalną, pochodzącą ze zbiorów polskich i zagranicznych. Ważnym elementem wystawy są relacje filmowe i nagrania radiowe, w których mieszkańcy Krakowa opowiadają o swoich przeżyciach z lat 1939–1945.
Fabryka została założona w 1937 roku przez krakowskich przedsiębiorców. Przez dwa lata produkowała wyroby emaliowane i pokrewne. W czerwcu 1939 roku, z powodu zadłużenia, firma zmuszona była ogłosić upadłość. W latach drugiej wojny światowej (1939-1945) dzierżawcą, a potem właścicielem fabryki był Oskar Schindler. W tym okresie zakład funkcjonował pod nazwą Deutsche Emailwarenfabrik – DEF (Niemiecka Fabryka Naczyń Emaliowanych). Fabryka produkowała na potrzeby cywilne i wojskowe, zatrudniając najpierw Polaków, a potem głównie Żydów z krakowskiego getta. Po wojnie fabryka Oskara Schinldera została znacjonalizowana, a na jej terenie w 1946 roku powstała fabryka Telpod, produkująca podzespoły telekomunikacyjne. Działała do 2002 roku.
