Zbiory Muzeum są związane z polskim wczesnym średniowieczem oraz z historią Gniezna i okolic. Prezentowane są na wystawach: Wielkopolska Średniowiecza - wystawa w formie spektaklu trwającego 30 min; Gniezno średniowieczne - dzieje i sztuka Gniezna od X do końca XV w. Największa w Polsce kolekcja gotyckich (XV w.) dekorowanych kafli piecowych; Gniezno Nowożyte - sztuka i przemiany miasta od XVI do połowy XIX w. Kolekcja kafli nowożytnych, rzemiosło artystyczne cechów gnieźnieńskich; Oręż Wieków Minionych - militaria na ziemiach polskich od X do XVIII w. Poza szablami bojowymi i paradnymi (karabela) i bronią palną oraz wyposażeniem jeździeckim uwagę zwraca zbroja husarska z 2. połowy XVII wieku; Rzeźba Romańska w Polsce - oryginalne detale i wierne repliki najważniejszych dzieł romańskiej rzeźby architektonicznej w Polsce XII-XIII w.
Piastów Malowane Dzieje - kolekcja XIX-wiecznego malarstwa historycznego obrazującego dzieje pierwszej polskiej dynastii królewskiej z rodu Piastów. Prezentowane są obrazy autorstwa m.in.: Józefa Peszki, Aleksandra Lessera, Wojciecha Gersona, Witolda Pruszkowskiego.
