Muzeum mieści się we wnętrzu dawnego klasztoru cystersów (1186 –1831), od 1957 roku użytkowanego przez Gdańskie Seminarium Duchowne. Jest to muzeum wnętrz historycznych z ekspozycją sztuki sakralnej. Uroczystego otwarcia muzeum dokonał biskup Krakowa - ksiądz kardynał Karol Wojtyła i biskup Diecezji Gdańskiej – Lech Kaczmarek w 1975 r., w pięćdziesięciolecie Diecezji Gdańskiej. Po przeprowadzeniu w latach 1993-99 prac konserwatorskich w zabytkowych wnętrzach klasztornych, muzeum zmieniło swój dotychczasowy profil, kładąc nacisk na ich rewaloryzację, a więc przywrócenie pierwotnych walorów artystycznych i funkcjonalnych. Pomieszczenia takie jak: Kapitularz Refektarz, Sala Pokoju Oliwskiego i Kaplica Mariacka, usytuowane w sąsiedztwie krużganków otaczających dostępny wirydarz, tworzą cenny kompleks architektury sakralnej o wysokich walorach poznawczych.
W sezonie letnim udostępniona jest najcenniejsza zabytkowa część klasztoru, pochodząca z końca XIII, z XIV i XV w., niegdyś objęta całkowitą klauzurą. W przyszłości przewidziana jest adaptacja dawnego karceru cysterskiego na cele wystawiennicze, z wykorzystaniem zachowanych fragmentów architektury z końca XIII w.
